Após escapar do labirinto, Thomas (Dylan O'Brien) e os garotos que o acompanharam em sua fuga da Clareira precisam agora lidar com uma realidade bem diferente: a superfície da Terra foi queimada pelo sol e eles precisam lidar com criaturas disformes chamadas Cranks, que desejam devorá-los vivos.

Num cenário pós-apocalíptico, uma comunidade de rapazes descobre que estão presos num labirinto misterioso. Juntos, terão de descobrir como escapar, resolver o enigma e revelar o arrepiante segredo acerca de quem os colocou ali e por que razão.