As Teenage Mutant Ninja Turtles estão de volta em uma nova série animada da Nickelodeon! Aparecendo na superfície pela primeira vez em seu aniversário de quinze anos, as tartarugas titulares, Leonardo, Michelangelo, Raphael e Donatello, descobrem que a vida fora dos esgotos não é exatamente o que eles pensavam que seria. Agora, as tartarugas precisam trabalhar juntas como uma equipe para enfrentar novos inimigos que surgirem para conquistar a cidade de Nova York.

Tudo começa quando um vilão ninja ataca a cidade e os titãs tentam impedir. Ao fim da luta, os titãs descobrem que o vilão, Saicotech, fora mandado por Brushogum. A equipe dirige-se a Toquio para investigar as razões de Saicotech der sido enviado e, então, prendê-lo.