Dez anos se passaram desde a aventura no Mundo Digital de Davis, Yolei, Cody, T.K., Kari e Ken. Todos parecem estar mudando em termos de aparência e estilo de vida. De repente, um gigantesco Digiovo aparece no céu sobre a Torre de Tóquio.

Naruto, Shikamaru e Sakura, com a ajuda de Gaara, Kankurou e Temujin, devem salvar o mundo de um grande perigo que se aproxima.