Stryker, um ex-comandante perverso do exército, tem a chave para o passado de Wolverine e o futuro dos X-Men. Esta ameaça reacende a chamada para um ato de registro mutante. Stryker inicia um ataque à mansão e escola do Professor Xavier. Depois de escapar de sua cela de plástico, Magneto propõe uma parceria com Xavier e os X-Men para combater esse novo inimigo que ambos têm em comum.

Em um mundo onde existem mutantes superpoderosos que são discriminados, a supremacista Irmandade e os pacifistas X-Men se preparam para um confronto inevitável.