Batman enfrenta o maior de todos os seus desafios quando o misterioso Capuz Vermelho toma Gotham City de assalto. Parte vigilante, parte criminoso, o Capuz Vermelho inicialmente limpa as ruas da cidade com a mesma eficiência do Batman, mas sem seguir o mesmo código de ética do Cavaleiro das Trevas. Para ele, matar é sempre uma opção. E quando o Coringa fica dividido entre os dois, a dura verdade vem à tona e velhas feridas são reabertas.

Neste longa de animação, um Lex Luthor "do bem" vem de um universo alternativo para pedir ajuda, pois seu planeta está sendo ameaçado pelo Sindicato do Crime, uma versão maligna da Liga da Justiça. As coisas se complicam quando o vilão Coruja tenta por em prática um plano diabólico, que poderá colocar todo o equilíbrio dos universos em perigo.