X-Men ’97 revisita a era icônica dos anos 1990, quando os X-Men, um grupo de mutantes que usam seus dons extraordinários para proteger um mundo que os odeia e teme, são desafiados como nunca antes, forçados a enfrentar um novo futuro perigoso e inesperado.

Acompanha um grupo de investigadores de elite que investiga a corrupção e a criminalidade de alto nível na região da Grande Toronto.

Em Nova York, um rastreador adolescente ganha a vida vendendo objetos místicos raros para feiticeiros. Mas lidar com magia pode ser um negócio muito arriscado.

Ao criar a filha em uma cidade pequena, uma encantadora viúva com poderes mágicos desperta o interesse de um médico da cidade grande.

Em Minnesota na década de 1980, um homem (Ethan Hawke) é preso por abusar sexualmente da própria filha (Emma Watson). Embora não se lembre do evento, ele se declara culpado. Auxiliado por psicólogos, ele revive os momentos e até acusa um policial de ter participado do crime, porém, ele começa a desconfiar da existência de uma conspiração nacional.