Nick Larson não poderia em melhor momento. Sua empresa está crescebdo e seu namoro com Julie parece perfeito. Mas tudo muda quando uma cadeia de eventos resulta na morte de três pessoas em um trágico acidente — incluindo sua jovem namorada. Um ano depois, Nick ainda tenta reunir os pedaços de sua vida, até que começa a ter surtos nos quais parece estar viajando no tempo. Agora, ele tem a oportunidade de mudar o passado. Mas a missão é difícil, jpa que qualquer detalhe modificado pode significar uma reviravolta no futuro. Será que ele está preparado para lidar com suas escolhas?

Após se reencontrarem e reativarem a Mistérios S.A., Fred, Daphne, Salsicha, Velma e Scooby-Doo partem rumo a Coolsville para desvendar mais um mistério. Lá está um homem mascarado, que planeja usar uma máquina criadora de monstros para controlar o lugar. Em meio às investigações, eles conhecem Patrick Wisely, o curador do museu local, e ainda Heather Jasper-Howe, uma repórter que se apaixona por Fred e tem como missão descreditar as investigações do grupo.