Scooby-Doo and his friends are drawn to a strange object in the middle of Nowhere, Kansas--the backwoods hometown of Courage and his owners, Eustace and Muriel Bagge.

Por muitos anos, o governo realizou pesquisas secretas envolvendo fenômenos paranormais. Mas a descoberta de uma garota com habilidades psíquicas, dá início a uma violenta corrida para encontrá-la e descobrir sua verdadeira identidade.