O avião presidencial cai no Triângulo das Bermudas. Uma equipe da Marinha é enviada para o resgate, e acaba despertando um monstro submarino que ameaça destruir não só a frota, mas toda a costa leste.

Our heroes must protect the Prince of the Sea, Manaphy, from the evil pirate Phantom, and return the young Pokémon to the Sea Temple with the help of the the People of the Water and Jackie the Pokémon Ranger.