Usando uma tecnologia revolucionária, um homem consegue reviver suas memórias e aprender as habilidades letais de um ancestral do século 15. Baseado no jogo de videogame.

Os surtos frequentes de Sam ficam sinistros quando um livro infantil aparece misteriosamente em seu quarto, e ele pergunta para a mãe: “Você quer morrer?”.

Soren (Jim Sturgess) é uma corujinha fascinada pelas histórias épicas contadas pelo pai sobre os Guardiões de Ga’Hoole, míticos guerreiros alados que lutaram em uma grande batalha para salvar a espécie de uma grande ameaça. Por outro lado, seu irmão Kludd (Ryan Kwanten) zomba dele e tem ciúmes, procurando sempre atrair a atenção do pai. Um dia os dois são capturados e caem nas mãos dos Puros, corujas do mal que querem dominar o Reino do Oeste e a Grande Árvore.

Após enfrentar os sentinelas no mundo real, Neo (Keanu Reeves) tem sua mente presa em um local que fica entre a Matrix e a realidade, do qual apenas poderá sair com a ajuda de Trainman (Bruce Spence). Após perceberem que as ondas cerebrais de Neo são idênticas as de uma pessoa conectada à Matrix, Trinity (Carrie-Anne Moss) e Morpheus (Laurence Fishburne) buscam a ajuda da Oráculo (Mary Alice) e Seraph (Sing Ngai). Trinity, Morpheus e Seraph vão em busca de Merovingian (Lambert Wilson), que possui controle sobre Trainman e pode libertar Neo. Após obterem sucesso no resgate, o trio se divide em duas missões: Enquanto Morpheus e a tripulação de duas naves parte rumo a Zion, na tentativa de ajudar no combate contra as máquinas, Neo e Trinity se dirigem à Cidadela das Máquinas.