Certo dia, Takamiya Naho recebe uma carta escrita por ela mesma dez anos no futuro. A carta narra exatamente os eventos daquele dia, incluindo a transferência de um novo aluno para a turma dela chamado Naruse Kakeru. A Naho do futuro diz repetidamente que ela tem vários arrependimentos e quer consertar eles garantindo que Naho do passado tome as decisões certas, especialmente sobre Kakeru. O mais chocante é que ela descobre que daqui dez anos Kakeru não estará mais entre eles. A Naho do futuro pede que ela cuide dele com atenção.

Com história de Brandon Auman (Os Vingadores: maiores heróis da Terra, Homem de Ferro: Armored Adventures), o filme explora um confronto entre o Homem de Ferro e o vilão Ezequiel Stane, que desenvolve uma nova bio-tecnologia que deixa a armadura do Homem de Ferro ultrapassada. Após Stane desencadear um ataque terrorista e focar na queda de Tony Stark, o Homem de Ferro deve ir em busca uma maneira de limpar seu nome.