Cansado de viver uma vida solitária no noroeste do Pacífico, o Sr. Link recruta o destemido explorador Sir Lionel Frost para guiá-lo em uma jornada para encontrar seus parentes perdidos há muito tempo no lendário vale de Shangri-La.

Em uma pacífica clareira, entre as sobras de um piquenique, começa uma batalha entre duas tribos de formigas em busca de uma caixa de açúcar. Uma jovem e corajosa joaninha acaba sendo capturada no meio do fogo cruzado e torna-se aliada das formigas negras, ajudando na luta contra as terríveis formigas vermelhas.

Norman Babcock (Kodi Smit-McPhee) é um garoto que consegue ver e falar com os mortos. Entretanto, o único que acredita em suas habilidades é Neil, um amigo excêntrico. Um dia, o tio de Norman conta sobre um importante ritual anual realizado na cidade, com o objetivo de protegê-la de uma maldição jogada por uma bruxa séculos atrás. Norman resolve ajudar no ritual, mas as coisas não saem como planejado e uma nuvem mágica faz com que os mortos se levantem das tumbas da cidade.

Os sonhos do supervilão Megamente se tornam realidade quando ele derrota Metro Man e assume o controle da cidade. Mas um novo vilão é criado, e o caos chega ao limite.