Sonic, Knuckles e Tails se reúnem contra um novo e poderoso adversário, Shadow, um vilão misterioso com poderes diferentes de tudo o que já enfrentaram antes. Com suas habilidades excepcionais, a Equipe Sonic busca uma aliança improvável.

Knuckles embarca em uma jornada hilária e cheia de ação de autodescoberta ao concordar em treinar Wade como seu protegido e ensiná-lo os caminhos do guerreiro equidna.

Sonic quer virar um herói, então decide unir forças com Tails para impedir que o Dr. Robotnik e Knuckles ponham as mãos em uma poderosa esmeralda.

Sonic se une ao xerife de uma cidadezinha para impedir que o Dr. Robotnik roube seus superpoderes e domine o mundo.