Dez anos se passaram desde a aventura no Mundo Digital de Davis, Yolei, Cody, T.K., Kari e Ken. Todos parecem estar mudando em termos de aparência e estilo de vida. De repente, um gigantesco Digiovo aparece no céu sobre a Torre de Tóquio.

Nagisa, a new student at St. Miator, meets Shizuma Hanazono, the revered Etoile. After Shizuma kisses her forehead, Nagisa faints. She recovers and meets her roommate Tamao, beginning a complicated journey.