A equipa da "Mistério S.A." arranjam trabalhos de Verão num campo de férias pertencente ao tio da Daphne, onde se deparam com acontecimentos estranhos em redor do lago - incluindo pedras-da-lua, personagens assustadores e um Monstro Sapo à solta. Existe mistério e romance no ar que apenas Fred, Velma, Daphne, Salsicha e Scooby-Doo conseguem desvendar.

O que reúne grandes amigos? Para Daphne, Velma, Fred, Salsicha e o cãozinho Scooby-Doo, é um mistério! Literalmente! Este longa-metragem leva os fãs de volta no tempo, para quando nossos quatro heróis eram adolescentes novatos no assunto – sempre acompanhados por um cão detetive – e tiveram seu primeiro encontro profissional. Injustamente acusados de encenar uma piada sobre fantasmas, os garotos são suspensos do colégio. Para limparem seus nomes, eles se unem para resolverem um mistério sobrenatural... E se envolvem em uma aventura repleta de bom humor.