Com a Kyuubi selada as coisas começam a voltar ao normal, mas a paz na Vila de Konoha é interrompida quando os membros da Akatsuki reaparecem. Naruto e outros ninjas conseguem impedi-los. Depois da bem-sucedida missão, os familiares dos jovens ninjas que participaram do combate escrevem cartas para a Hokage recomendando que seus filhos se tornem jounins. Como Naruto não tem pais ele fica depressivo com essa situação, é quando Madara aparece em Konoha e ataca Naruto e Sakura com um novo e misterioso doujutsu.

Designado para uma missão para capturar Mukade, Naruto Uzumaki viaja para as ruínas de outra gloriosa histórica Rouran, onde persegue e encurrala o ninja. Mukade revelou a linha dormente dentro das ruínas, ele amplia o poder da linha temporal, causando uma luz para envolver Naruto, enviando-lhe vinte anos no passado. Quando Naruto acorda, ele entra em contato com seu pai.

Demônios que antes quase destruíram o mundo, agora foram libertados por alguém. Para evitar a destruição, os demônios devem ser novamente selados e trancados, e a única pessoa capaz de fazer isto é uma menina chamada Shion. Ela vem do país do demônio e é capaz de duas coisas: prever a morte de pessoas e também selar demônios. Desta vez, a missão de Naruto é proteger Shion, mas ela prevê a morte dele.

Asuna é uma menina solitária. Ela tem o hábito de passar seus dias escutando uma música misteriosa em um rádio especial que ganhou de seu pai. Certo dia ela conhece um rapaz chamado Shun, e parte numa viagem de aventuras para entender as belezas e crueldades do mundo.

Naruto Uzumaki, Sakura Haruno, Rock Lee e Kakashi Hatake foram enviados para proteger um príncipe durante sua viagem ao redor do mundo e garantir que ele volte com segurança para sua casa no País da Lua. O País da Lua por ser muito rico possibilita que o Príncipe compre tudo que deseja. Durante sua viagem, o Príncipe encontra um grupo circense que possui um raro tigre dente-de-sabre que ele deseja ter, então ele compra o grupo todo. De repente a missão de proteger o príncipe que difícilmente escuta o que lhe é dito, se torna em uma missão para proteger não só ele, mas também outros animais, e tentar levá-los de alguma forma salvos para suas casas. O problema surge quando três ninjas que manipulam jutsus amedrontadores estão a espera deles.

Naruto Uzumaki é um jovem ninja que procura se voltar em Hokage, o lider e ninja mais forte da cidade.

Naruto, Shikamaru e Sakura, com a ajuda de Gaara, Kankurou e Temujin, devem salvar o mundo de um grande perigo que se aproxima.

Naruto e seus amigos precisam acompanhar uma atriz famosa em uma viagem importante, mas acabam encontrando perigosos ninjas pelo caminho.

Guiado pelo espírito demoníaco dentro dele, o órfão Naruto aprende a controlar seus poderes como um ninja nesta série de aventura anime.