High school girl Amate meets smuggler Nyaan and gets mixed up with an illegal shop. When military police fight an intruding Red Gundam, Amate ends up piloting the GQuuuuuX amid the chaos.

Shinji Ikari ainda está à deriva após perder a vontade de viver, mas o lugar onde ele chega lhe ensina o que significa ter esperança. Finalmente, o Projeto é posto em marcha e ele fará uma última resistência para evitar o Impacto Final.

Quinze anos após o Segundo Impacto, Shinji Ikari se junta ao NERV, grupo de seu pai, como um dos pilotos adolescentes de robôs gigantes que enfrentam os Anjos.