Dois anos após a Quarta Guerra Mundial Shinobi, o destino da humanidade é colocado nas mãos de Naruto quando a lua entra em rota de colisão com a Terra.

Entre os cinco grandes países de shinobi, os países da Água, Terra, Trovão e Vento estão perdendo seus Kekkei Genkai, um atrás do outro. O único que não foi afetado foi o País de Fogo, os outros começam a suspeitar que isto não é nenhuma coincidência. Embora a tensão da situação pode levar a uma nova Guerra Shinobi, Kakashi desaparece da aldeia, qual será o motivo...!? Entretanto os 11 de konoha vão por vontade própria em busca de Kakashi acabando por enfrentar o bando de shinobis desconhecidos... como correrá?

Demônios que antes quase destruíram o mundo, agora foram libertados por alguém. Para evitar a destruição, os demônios devem ser novamente selados e trancados, e a única pessoa capaz de fazer isto é uma menina chamada Shion. Ela vem do país do demônio e é capaz de duas coisas: prever a morte de pessoas e também selar demônios. Desta vez, a missão de Naruto é proteger Shion, mas ela prevê a morte dele.

Naruto Uzumaki, Sakura Haruno, Rock Lee e Kakashi Hatake foram enviados para proteger um príncipe durante sua viagem ao redor do mundo e garantir que ele volte com segurança para sua casa no País da Lua. O País da Lua por ser muito rico possibilita que o Príncipe compre tudo que deseja. Durante sua viagem, o Príncipe encontra um grupo circense que possui um raro tigre dente-de-sabre que ele deseja ter, então ele compra o grupo todo. De repente a missão de proteger o príncipe que difícilmente escuta o que lhe é dito, se torna em uma missão para proteger não só ele, mas também outros animais, e tentar levá-los de alguma forma salvos para suas casas. O problema surge quando três ninjas que manipulam jutsus amedrontadores estão a espera deles.