Três estudantes do ensino médio são transportados para um mundo de fantasia. Mas enquanto dois são heróis, um só pode ser um curandeiro.

A paz é repentinamente quebrada quando as sirenes de alerta soam através da Soul Society. Os moradores estão desaparecendo sem deixar rastro e ninguém sabe quem está por trás disso.

No início do século XX Hokkaido, Japão, uma caça ao tesouro ocorre entre várias partes em busca de um esconderijo de ouro.

Milhares de anos no futuro, uma cidade conhecida como "Eden 3" é habitada apenas por robôs, cujos antigos mestres desapareceram há muito tempo. Dois robôs agrícolas acidentalmente despertam uma menina humana.

Dois anos após a Quarta Guerra Mundial Shinobi, o destino da humanidade é colocado nas mãos de Naruto quando a lua entra em rota de colisão com a Terra.

Junjo Romantica acompanha os relacionamentos de três casais muito diferentes. Romantica, Egoist e Terrorist são repletos de romance, saudade e, é claro, drama. É complicado, mas vale muito a pena.

Com a Kyuubi selada as coisas começam a voltar ao normal, mas a paz na Vila de Konoha é interrompida quando os membros da Akatsuki reaparecem. Naruto e outros ninjas conseguem impedi-los. Depois da bem-sucedida missão, os familiares dos jovens ninjas que participaram do combate escrevem cartas para a Hokage recomendando que seus filhos se tornem jounins. Como Naruto não tem pais ele fica depressivo com essa situação, é quando Madara aparece em Konoha e ataca Naruto e Sakura com um novo e misterioso doujutsu.

Designado para uma missão para capturar Mukade, Naruto Uzumaki viaja para as ruínas de outra gloriosa histórica Rouran, onde persegue e encurrala o ninja. Mukade revelou a linha dormente dentro das ruínas, ele amplia o poder da linha temporal, causando uma luz para envolver Naruto, enviando-lhe vinte anos no passado. Quando Naruto acorda, ele entra em contato com seu pai.

Antigamente existia a 'mágica' e respeitada vila do "Céu", uma fortaleza flutuante. Acreditava-se que ela era o centro mais protegido do mundo, pois era uma combinação de gigantescas muralhas impenetráveis, e havia um poder de flutuação que era sustentado por um outro mistério, o 'Chakra Negro'. Mas por algum motivo a vila oculta do "Céu" foi extinta... a "Vila Flutuante" sumiu com tudo e com todos, o que restou foram somente ruínas e algumas histórias. Agora ela reaparece trazendo à tona laços inseparáveis.

Demônios que antes quase destruíram o mundo, agora foram libertados por alguém. Para evitar a destruição, os demônios devem ser novamente selados e trancados, e a única pessoa capaz de fazer isto é uma menina chamada Shion. Ela vem do país do demônio e é capaz de duas coisas: prever a morte de pessoas e também selar demônios. Desta vez, a missão de Naruto é proteger Shion, mas ela prevê a morte dele.