A tenente Ripley é encarregada de ir a um planeta que é usado como colônia penal de segurança máxima. Este é o novo palco de assassinatos do Alien, que está matando tudo o que se move, menos a própria tenente Ripley, que aparentemente não é atacada pelo monstro.

Cinquenta e quatro anos após escapar da "Nostromo", a tenente Ripley é encontrada a flutuar, perdida no espaço, ainda adormecida. De volta ao nosso planeta, ela conta tudo o que lhe aconteceu, mas ninguém acredita realmente nela, ou lhe parece dar crédito, até que uma colónia de humanos, entretanto criada no planeta onde ela encontrou o primeiro Alienígena, deixa de emitir comunicações subitamente. Ela então é convocada para auxiliar uma expedição militar ao local, sendo a única aparentemente consciente de que o pesadelo está longe do fim.

Em um futuro próximo, a guerra entre humanos e máquinas foi iniciada. Com a tecnologia a seu dispor, um plano inusitado é arquitetado pelas máquinas ao enviar para o passado um andróide com a missão de matar a mãe daquele que viria a se transformar num líder e seu pior inimigo. Contudo, os humanos também conseguem enviar seu representante para proteger a mulher e tentar garantir o futuro da humanidade.