Um garoto descobre que não é deste planeta e que tem poderes extraordinários. Quando se torna adolescente, viaja para descobrir de onde veio e para o quê foi enviado a fazer. Mas o herói nele deve emergir se quiser salvar o mundo da aniquilação e se tornar o símbolo de esperança para toda a humanidade.

Pouco depois de voltar de uma viagem de negócios, Beth Emhoff morre de uma suposta gripe. Enquanto a epidemia mortal se espalha, os médicos precisam identificar o vírus para conseguir combatê-lo e acabar com o pânico da população.

Em um planeta misterioso, um mercenário e um grupo de assassinos a sangue a frio agora são presas. Uma nova raça de alienígenas persegue os humanos pela floresta densa e o grupo precisa se unir se não quiser virar troféu dos caçadores intergalácticos.

Reed Richards (Ioan Gruffudd) e Susan Storm (Jessica Alba) estão prestes a se casar. Porém, durante a cerimônia, algo estranho surge nos céus de Nova York. Trata-se do Surfista Prateado (Doug Jones), um ser alienígena que possui grandes poderes e que trabalha como arauto de Galactus, o destruidor de planetas. O Surfista veio à Terra para prepará-la para ser destruída por seu mestre, mas para atingir seu objetivo precisará enfrentar o Quarteto Fantástico.

O agente secreto Ethan Hunt volta à ativa para salvar a mulher que ama de um traficante de armas que está à procura de um perigoso objeto com o codinome Pé de Coelho.

Após enfrentar os sentinelas no mundo real, Neo (Keanu Reeves) tem sua mente presa em um local que fica entre a Matrix e a realidade, do qual apenas poderá sair com a ajuda de Trainman (Bruce Spence). Após perceberem que as ondas cerebrais de Neo são idênticas as de uma pessoa conectada à Matrix, Trinity (Carrie-Anne Moss) e Morpheus (Laurence Fishburne) buscam a ajuda da Oráculo (Mary Alice) e Seraph (Sing Ngai). Trinity, Morpheus e Seraph vão em busca de Merovingian (Lambert Wilson), que possui controle sobre Trainman e pode libertar Neo. Após obterem sucesso no resgate, o trio se divide em duas missões: Enquanto Morpheus e a tripulação de duas naves parte rumo a Zion, na tentativa de ajudar no combate contra as máquinas, Neo e Trinity se dirigem à Cidadela das Máquinas.

Após derrotar as máquinas em seu combate inicial, Neo ainda vive na Nabucodonosor ao lado de Morpheus, Trinity e Link, o novo tripulante da nave. As máquinas estão realizando uma grande ofensiva contra Zion, onde 250 mil delas escavam rumo à cidade e podem alcançá-la em poucos dias. A Nabucodonosor é convocada para retornar a Zion e participar da reunião que definirá o contra-ataque para salvar a humanidade da extinção. Entretanto, um recado enviado pelo Oráculo faz com que Neo retorne à Matrix.

Em um futuro próximo, Thomas Anderson (Keanu Reeves), um jovem programador de computador que mora em um cubículo escuro, é atormentado por estranhos pesadelos nos quais encontra-se conectado por cabos e contra sua vontade, em um imenso sistema de computadores do futuro. Em todas essas ocasiões, acorda gritando no exato momento em que os eletrodos estão para penetrar em seu cérebro. À medida que o sonho se repete, Anderson começa a ter dúvidas sobre a realidade. Por meio do encontro com os misteriosos Morpheus (Laurence Fishburne) e Trinity (Carrie-Anne Moss), Thomas descobre que é, assim como outras pessoas, vítima do Matrix, um sistema inteligente e artificial que manipula a mente das pessoas, criando a ilusão de um mundo real enquanto usa os cérebros e corpos dos indivíduos para produzir energia. Morpheus, entretanto, está convencido de que Thomas é Neo, o aguardado messias capaz de enfrentar o Matrix e conduzir as pessoas de volta à realidade e à liberdade.

Os últimos dos garotos da Rua Elm agora estão num hospital psiquiátrico, onde Freddy assombra seus sonhos com horrores indescritíveis. Sua única esperança é a pesquisadora do sono e igualmente sobrevivente de Freddy, Nancy Thompson. É ela quem vai os ajudar a lutar contra o psicopata sobrenatural em seu próprio território infernal.