Designado para uma missão para capturar Mukade, Naruto Uzumaki viaja para as ruínas de outra gloriosa histórica Rouran, onde persegue e encurrala o ninja. Mukade revelou a linha dormente dentro das ruínas, ele amplia o poder da linha temporal, causando uma luz para envolver Naruto, enviando-lhe vinte anos no passado. Quando Naruto acorda, ele entra em contato com seu pai.

Rintaro é um auto-proclamado cientista louco que acredita que uma organização internacional está conspirando para remodelar o mundo de acordo com seus próprios interesses. Ele e seu amigo Itaru inadvertidamente criam um dispositivo capaz de enviar mensagens para o passado. A descoberta e experimentação deste instrumento torna-se o catalisador de alterações fundamentais para o presente. Alheio das consequências de suas ações, Rintaro e seus amigos acabam criando modificações de proporções graves. Agora ele deve tentar encontrar uma maneira de voltar a linha do tempo para o mais próximo possível do original, para salvar os preciosos membros do laboratório.