Hanako é uma lenda urbana que diz ser o espírito que assombra nos banheiros escolares. Mas Nenê descobre que Hanako na sua academia é somente um dos muitos espíritos que habitam o lugar.

Dez anos se passaram desde a aventura no Mundo Digital de Davis, Yolei, Cody, T.K., Kari e Ken. Todos parecem estar mudando em termos de aparência e estilo de vida. De repente, um gigantesco Digiovo aparece no céu sobre a Torre de Tóquio.

O jovem Yuta Okkotsu ganha o controle de um espírito extremamente poderoso, então um grupo de feiticeiros o matriculam na Tokyo Prefectural Jujutsu High School, para ajudá-lo a controlar esse poder e também para ficar de olho nele.

Shinji Ikari ainda está à deriva após perder a vontade de viver, mas o lugar onde ele chega lhe ensina o que significa ter esperança. Finalmente, o Projeto é posto em marcha e ele fará uma última resistência para evitar o Impacto Final.

Yashiro Nene is looking for ghostly help with her love life, but when "Hanako-san," the wish-granting spirit that haunts a girls' bathroom stall, turns out to be a boy, she may end up getting more, and less, than she bargained for.

A fox girl starts working at a hot spring inn for spirits.