Quatro piratas somalianos sequestram um navio-cargueiro e mantêm o capitão como refém, gerando um confronto explosivo com a marinha americana.

Eric Byer é encarregado de apagar os rastros que possam incriminar o governo em projetos sigilosos. Um deles é o Outcome, projeto que pretende suprimir a dor e aumentar a sensibilidade, inteligência e força dos agentes por meio de remédios. Com o fim do Outcome, os agente passam a ser eliminados a mando do próprio governo. No entanto, Aaron Cross consegue escapar e vai à casa da Dra. Martha Shearing atrás de respostas. Juntos, eles precisam sobreviver enquanto Aaron sofre da abstinência forçada.

J já viu coisas inexplicáveis em seus quinze anos com os Homens de Preto, porém, nada, nem mesmo alienígenas o deixam mais perplexo que seu parceiro irônico e reticente. Mas quando a vida de K e o destino do planeta estão em jogo, o agente J terá de viajar no tempo, no passado, para acertar as coisas. J descobre que o universo tem segredos que K nunca contou a ele – segredos que acabarão se revelando quando ele se unir ao jovem agente K para salvar seu parceiro, a agência e o futuro da humanidade.