Giratina é o único morador do Mundo Reverso, um mundo pouco conhecido em paralelo com o nosso em que vivemos. Furioso quando Palkia e Dialga distorcem o tempo e o espaço, Giratina leva Dialga até o Mundo Reverso para iniciar uma batalha – mas o confronto é paralisado por um pequeno Shaymin, um Pokémon Gratidão. Logo depois de Ash e seus amigos aceitarem ajudar Shaymin, eles são arrastados para o Mundo Reverso, e lá eles conhecem Newton Graceland, que está pesquisando sobre aquele mundo misterioso. O que eles não sabem é que o antigo assistente de Newton, Zero, deseja selar o poder de Giratina para que então ele possa dominar o Mundo Reverso, mesmo se isso causar a destruição do mundo real! Será que nossos heróis conseguirão deter os planos malignos de Zero e proteger os dois mundos? Irá Giratina resolver suas diferenças com Dialga?

Our heroes must protect the Prince of the Sea, Manaphy, from the evil pirate Phantom, and return the young Pokémon to the Sea Temple with the help of the the People of the Water and Jackie the Pokémon Ranger.