Era uma manhã normal em Tóquio, até que o trem se transportou para um futuro apocalíptico. Agora, os passageiros de um vagão vão ter que lutar para sobreviver.

A história de Koko, um menino criado por Pokémon, e a criação de um novo vínculo entre os humanos e Pokémon.

Um menino encontra um jardim mágico que lhe permite viajar no tempo e encontrar seus parentes de diferentes épocas, com a orientação da sua irmã mais nova do futuro.