Neste longa de animação, um Lex Luthor "do bem" vem de um universo alternativo para pedir ajuda, pois seu planeta está sendo ameaçado pelo Sindicato do Crime, uma versão maligna da Liga da Justiça. As coisas se complicam quando o vilão Coruja tenta por em prática um plano diabólico, que poderá colocar todo o equilíbrio dos universos em perigo.

Os temidos piratas do Cargueiro Negro fazem um ataque, deixando somente um sobrevivente. O único marinheiro restante agora precisa lutar para sobreviver. Mas além dos perigos do alto mar, ele deve enfrentar as ameaças de sua própria mente, beirando a loucura e buscando vingança, em meio a solidão e a ansiedade para voltar para casa.

Uma misteriosa justiceira surge em Gotham City, se vestindo como Batman e se autodenominando Mulher Morcego. Quando ela é sequestrada pelo vilão Bane, Batman precisa resgatá-la, descobrir sua identidade e deter os planos malignos do Pinguim.