A humanidade está novamente em perigo de cair nas garras do Império Subterrâneo, que no passado foi liderado pelo cientista maligno conhecido como Dr. Inferno. Então, Koji Kabuto pilotou o super robô Mazinger Z e, com a ajuda de seus amigos do Photonic Research Institute, frustrou as ambições do Dr. Hell e restaurou a paz no mundo.

Antigamente existia a 'mágica' e respeitada vila do "Céu", uma fortaleza flutuante. Acreditava-se que ela era o centro mais protegido do mundo, pois era uma combinação de gigantescas muralhas impenetráveis, e havia um poder de flutuação que era sustentado por um outro mistério, o 'Chakra Negro'. Mas por algum motivo a vila oculta do "Céu" foi extinta... a "Vila Flutuante" sumiu com tudo e com todos, o que restou foram somente ruínas e algumas histórias. Agora ela reaparece trazendo à tona laços inseparáveis.

Com seus corpos em péssimo estado, os irmãos Edward e Alphonse enfrentam forças sinistras para recuperá-los.