Por causa de sua arrogância, um homem é condenado a reencanar como uma menina soldado de 9 anos.

Recém-mortos são ressuscitados e munidos de armas altamente tecnológicas. Juntos, eles devem derrotar um exército de monstros que ameaçam Tóquio e Osaka.

Em 2012, o mundo supostamente chega ao fim nas mãos de um vírus de origem humana que dizima a população mundial, mas não afeta crianças. É quando os vampiros emergem das profundezas da terra.

Yamada Ryu é um péssimo aluno e tem fama de ser um deliquente. Um dia, ele se envolve em um misterioso acidente com a estudante de honra Shiraishi Urara. Os dois desmaiam e acordam um no corpo do outro.

Entre os cinco grandes países de shinobi, os países da Água, Terra, Trovão e Vento estão perdendo seus Kekkei Genkai, um atrás do outro. O único que não foi afetado foi o País de Fogo, os outros começam a suspeitar que isto não é nenhuma coincidência. Embora a tensão da situação pode levar a uma nova Guerra Shinobi, Kakashi desaparece da aldeia, qual será o motivo...!? Entretanto os 11 de konoha vão por vontade própria em busca de Kakashi acabando por enfrentar o bando de shinobis desconhecidos... como correrá?

O filme conta a história através do ponto de vista de Menma, além de incluir cenas de um ano após os acontecimentos da série.