Falling Skies começa em meio a um ataque alienígena caótico de que deixou a maior parte do mundo completamente incapacitado. Nos seis meses desde a invasão inicial, os poucos sobreviventes uniram-se fora das grandes cidades para começar a difícil tarefa de combater os invasores. Cada dia é um teste de sobrevivência como soldados e cidadãos, que trabalham para proteger as pessoas sob seus cuidados, ao mesmo tempo que uma campanha de repressão acontece contra a força alienígena ocupante.

O lago Negro foi transformado numa espécie de santuário para os crocodilos, rodeado por uma cerca elétrica para proteger os incautos que cheguem ao local. Lá eles se multiplicam em número recorde. Justamente na noite em que uma cerca é deixada aberta, a equipe de natação de uma escola pega o caminho errado e vai parar no local. Além de terem que lidar com o terror trazido pelos animais, os jovens ainda encaram uma policial desonesta (Yancy Butler) e um caçador ilegal (Robert Englund).