O East Blue está em crise? A notícia atinge os Chapéus de Palha ao longo de sua jornada. Com suas cidades natais enfrentando momentos difíceis, Luffy e seus amigos colocam suas aventuras em espera e decidem voltar para o East Blue, quando de repente um misterioso navio pirata aparece voando no céu. O homem que dirigi o navio não é outro senão o usuário de Akuma no Mi, Shiki “O Leão Dourado”, o mesmo lendário pirata que conseguiu escapar da grande prisão submarina Impel Down, e ficou entre os mais infames piratas como o “Rei dos piratas” Gol D. Roger e Barba Branca. Depois de seqüestrar Nami por suas habilidades de navegação intuitivas, Shiki envia Luffy e sua tripulação hurdling para baixo a suas próprias ilhas flutuantes pessoais. Separando, a tripulação encontram-se então colocados em uma batalha de sobrevivência com feras terríveis em ambientes misteriosos.

The story takes place in year 1944 and the world lives in fear of unidentified flying objects called neuroi. A young heroine Named Yoshika miyafuji joins the 501st joint wing, known as the strike witches to fight and defeat the neuroi so that way she can protect the world.