Scooby-Doo e sua turma enfrentam uma aventura eletrizante quando são atirados em um jogo de computador de alta tecnologia. Quando Scooby-Doo e o pessoal da Mistério S. A. tentam capturar o Vírus Fantasma, eles são transportados acidentalmente para um jogo baseado nas suas próprias aventuras. Enquanto procuram o Vírus Fantasma pelos dez níveis do jogo, a turma viaja do passado pré-histórico ao futuro e enfrenta confusões com uma horda horripilante de vilões virtuais.

Prepare-se para a aventura mais intergaláctica de Scooby e sua turma! Tudo começa quando a turma se vê presa numa cidade deserta, cheia de cientistas esquisitos e alienígenas pouco amigáveis. Depois de serem perseguidos pelos alienígenas, irem parar a bordo de um OVNI, algo ainda mais esquisito e assustador acontece: Salsicha e Scooby se apaixonam perdidamente! A corrida para solucionar este caso intergaláctico, acaba levando a turma, de uma base secreta do governo, até as misteriosas cavernas secretas nos subterrâneos da cidade.

Quando a turma encontra o famoso escritor de contos de terror Ben Ravencroft,ele os convida para acompanharem de perto o Festival da Colheita de Outubro em sua terra natal,New England.As coisas se transformam em férias sobrenaturais quando os garotos descobrem que o lugar é assobrado por Sarah,uma ancestral de Ben! Será que as investigações irão revelar que Sarah é uma alma boa ou uma perversa bruxa?

Scooby Doo, Salsicha, Velma, Daphne e Fred estão na ativa de novo para tentar resolver o mais assustador e divertido mistério de suas carreiras. Nossos garotos “intrometidos” desta vez encontram-se numa ilha mal assombrada para investigar o fantasma do pirata Moonscar. Mas o espírito do corsário não é o único a atormentar a ilha. Os detetives também encontram com estranhas criaturas e zumbis!