Hellboy se une a um agente novato da B.P.D.P. na década de 1950 e são enviados para os Apalaches. Lá, descobrem uma remota e assombrada comunidade, dominada por bruxas

Quatro anos após os acontecimentos na abadia de St. Carta, a Irmã Irene (Taissa Farmiga) regressa mais uma vez e depara-se com a força demoníaca de Valak, a Freira (Bonnie Aarons).

As gêmeas Mantle, idênticas da cabeça aos pés, estão em uma missão para mudar a forma como as mulheres dão à luz, começando em Manhattan.