Willy Wonka (Johnny Depp) é o excêntrico dono da maior fábrica de doces do planeta, que decide realizar um concurso mundial para escolher um herdeiro para seu império. Cinco crianças de sorte, entre elas Charlie Bucket (Freddie Highmore), encontram um convite dourado em barras de chocolate Wonka e com isso ganham uma visita guiada pela lendária fábrica de chocolate, que não era visitada por ninguém há quinze anos. Encantado com as maravilhas da fábrica, Charlie fica cada vez mais fascinado com a visita.

Após sofrer um acidente na espaçonave em que estava, Leo Davidson chega em um planeta estranho e primitivo, onde os humanos migalham por sua subsistência, são caçados e escravizados por primatas tiranos, que formam o poder local. Sem concordar com a opressão imposta à raça humana, Leo logo se torna uma séria ameaça ao status quo local e dá início à uma revolução social no planeta.

Adaptado do famoso mangá e anime, a trama conta a historia de dois irmãos que, depois de perderem sua mãe, Alphonse e Edward Elric tentam trazê-la de volta usando uma técnica proibida de alquimia, mas, para isso, eles precisam dar algo em troca. Como consequência, Ed perde sua perna e Al perde seu corpo. Para impedir que a alma de Al vague incorpórea, Ed sacrifica um braço para prendê-la dentro de uma grande armadura. Visando recuperar seus corpos, os dois irmãos iniciam a busca da lendária Pedra Filosofal.