Dez anos se passaram desde a aventura no Mundo Digital de Davis, Yolei, Cody, T.K., Kari e Ken. Todos parecem estar mudando em termos de aparência e estilo de vida. De repente, um gigantesco Digiovo aparece no céu sobre a Torre de Tóquio.

A paz é repentinamente quebrada quando as sirenes de alerta soam através da Soul Society. Os moradores estão desaparecendo sem deixar rastro e ninguém sabe quem está por trás disso.

In a grandiose mansion, a young cheerful living doll begins to serve her shadow mistress, only to find out through their bonding that things are not what they appear to be.

A equipe descobre que quando eles crescerem, seu relacionamento com os Digimons chegará perto do fim. Eles percebem que quanto mais lutam, mais rápido seu vínculo se rompe e o tempo de escolha se aproxima.