Carregando um passado sombrio, o espadachim Kenshin Himura chega a Tóquio em 1878. Apesar de suas novas amizades, ele não consegue fugir das escolhas que fez.

A humanidade está novamente em perigo de cair nas garras do Império Subterrâneo, que no passado foi liderado pelo cientista maligno conhecido como Dr. Inferno. Então, Koji Kabuto pilotou o super robô Mazinger Z e, com a ajuda de seus amigos do Photonic Research Institute, frustrou as ambições do Dr. Hell e restaurou a paz no mundo.

Dois anos após a Quarta Guerra Mundial Shinobi, o destino da humanidade é colocado nas mãos de Naruto quando a lua entra em rota de colisão com a Terra.

Com a Kyuubi selada as coisas começam a voltar ao normal, mas a paz na Vila de Konoha é interrompida quando os membros da Akatsuki reaparecem. Naruto e outros ninjas conseguem impedi-los. Depois da bem-sucedida missão, os familiares dos jovens ninjas que participaram do combate escrevem cartas para a Hokage recomendando que seus filhos se tornem jounins. Como Naruto não tem pais ele fica depressivo com essa situação, é quando Madara aparece em Konoha e ataca Naruto e Sakura com um novo e misterioso doujutsu.