Antigamente existia a 'mágica' e respeitada vila do "Céu", uma fortaleza flutuante. Acreditava-se que ela era o centro mais protegido do mundo, pois era uma combinação de gigantescas muralhas impenetráveis, e havia um poder de flutuação que era sustentado por um outro mistério, o 'Chakra Negro'. Mas por algum motivo a vila oculta do "Céu" foi extinta... a "Vila Flutuante" sumiu com tudo e com todos, o que restou foram somente ruínas e algumas histórias. Agora ela reaparece trazendo à tona laços inseparáveis.

Rintaro é um auto-proclamado cientista louco que acredita que uma organização internacional está conspirando para remodelar o mundo de acordo com seus próprios interesses. Ele e seu amigo Itaru inadvertidamente criam um dispositivo capaz de enviar mensagens para o passado. A descoberta e experimentação deste instrumento torna-se o catalisador de alterações fundamentais para o presente. Alheio das consequências de suas ações, Rintaro e seus amigos acabam criando modificações de proporções graves. Agora ele deve tentar encontrar uma maneira de voltar a linha do tempo para o mais próximo possível do original, para salvar os preciosos membros do laboratório.