Rintaro é um auto-proclamado cientista louco que acredita que uma organização internacional está conspirando para remodelar o mundo de acordo com seus próprios interesses. Ele e seu amigo Itaru inadvertidamente criam um dispositivo capaz de enviar mensagens para o passado. A descoberta e experimentação deste instrumento torna-se o catalisador de alterações fundamentais para o presente. Alheio das consequências de suas ações, Rintaro e seus amigos acabam criando modificações de proporções graves. Agora ele deve tentar encontrar uma maneira de voltar a linha do tempo para o mais próximo possível do original, para salvar os preciosos membros do laboratório.

A strange environmental phenomenon 22 years ago in the Kanazawa prefecture caused the land to split and protrude upwards reaching unprecedented heights, creating the secluded area known as The Lost Ground. Kazuma is a young mercenary who lives in the Lost Ground, looking for any work he can find to sustain his livelihood within the harsh environment. He is one of the few people that are gifted with the Alter ability, which allows him to plaster his right arm and torso with a metallic alloy. When this mercenary encounters HOLY, an order whose purpose is to suppress and capture what they call Native Alter Users, and one of the elite members of HOLY, Ryuho, an epic rivalry begins.