Naruto Uzumaki é um jovem ninja que procura se voltar em Hokage, o lider e ninja mais forte da cidade.

Cinco anos após os acontecimentos da série original, com 15 anos de idade, Benjamin "Ben" Tennyson voltou a uma vida cotidiana e normal. Quando a atividade alienígena parou de se manifestar em quantidade ameaçadora, Ben retirou o Omnitrix, cresceu e passou a ser um adolescente confiante. Mas quando Max desaparece, Ben resolve usar novamente o Omnitrix a fim de deter novos inimigos junto com Gwendolyn Tennyson e Kevin Ethan Levin para localizá-lo. Enquanto, ao mesmo tempo, contando com uma ajuda de filhos de Encanadores (com uma paz inter-planetária força de manutenção, ambos com os membros meio alienígenas e humanos) a repelir os ataques dos DNAliens e os Highbreed (br: Soberanos). Com a derrota dos Highbreed/Soberanos, Ben, Gwen e Kevin continuam suas aventuras lidando com várias ameaças alienígenas. Estas incluem um confronto direto com alguns vilões do passado de Ben, como Vilgax, Dr. Animal, Fantasmático, Encantriz e Vulkanus.

Depois de receber um poder misterioso para controlar os outros, um príncipe marginalizado se torna o líder mascarado da rebelião contra um império todo-poderoso.

Tudo começa quando um vilão ninja ataca a cidade e os titãs tentam impedir. Ao fim da luta, os titãs descobrem que o vilão, Saicotech, fora mandado por Brushogum. A equipe dirige-se a Toquio para investigar as razões de Saicotech der sido enviado e, então, prendê-lo.

Guiado pelo espírito demoníaco dentro dele, o órfão Naruto aprende a controlar seus poderes como um ninja nesta série de aventura anime.