Com a Kyuubi selada as coisas começam a voltar ao normal, mas a paz na Vila de Konoha é interrompida quando os membros da Akatsuki reaparecem. Naruto e outros ninjas conseguem impedi-los. Depois da bem-sucedida missão, os familiares dos jovens ninjas que participaram do combate escrevem cartas para a Hokage recomendando que seus filhos se tornem jounins. Como Naruto não tem pais ele fica depressivo com essa situação, é quando Madara aparece em Konoha e ataca Naruto e Sakura com um novo e misterioso doujutsu.

Antigamente existia a 'mágica' e respeitada vila do "Céu", uma fortaleza flutuante. Acreditava-se que ela era o centro mais protegido do mundo, pois era uma combinação de gigantescas muralhas impenetráveis, e havia um poder de flutuação que era sustentado por um outro mistério, o 'Chakra Negro'. Mas por algum motivo a vila oculta do "Céu" foi extinta... a "Vila Flutuante" sumiu com tudo e com todos, o que restou foram somente ruínas e algumas histórias. Agora ela reaparece trazendo à tona laços inseparáveis.

Naruto Uzumaki, Sakura Haruno, Rock Lee e Kakashi Hatake foram enviados para proteger um príncipe durante sua viagem ao redor do mundo e garantir que ele volte com segurança para sua casa no País da Lua. O País da Lua por ser muito rico possibilita que o Príncipe compre tudo que deseja. Durante sua viagem, o Príncipe encontra um grupo circense que possui um raro tigre dente-de-sabre que ele deseja ter, então ele compra o grupo todo. De repente a missão de proteger o príncipe que difícilmente escuta o que lhe é dito, se torna em uma missão para proteger não só ele, mas também outros animais, e tentar levá-los de alguma forma salvos para suas casas. O problema surge quando três ninjas que manipulam jutsus amedrontadores estão a espera deles.

Naruto, Shikamaru e Sakura, com a ajuda de Gaara, Kankurou e Temujin, devem salvar o mundo de um grande perigo que se aproxima.