O submarino nuclear Yamato segue para Nova York após confronto com forças americanas. Nas águas do Estreito de Bering, é perseguido por um submarino inimigo de última geração enquanto tensões políticas crescem no Japão.

Anos depois de se aposentar da incrível vida ninja, uma família problemática precisa voltar à ativa para combater uma série de ameaças.

O ano é 1879. Jurados de vingança, Kenshin e seus aliados enfrentam o inimigo mais forte de todos: Enishi Yukishiro e seus comparsas.

Kenshin Himura enfrenta um misterioso negociante de armas chamado Enishi Yukishiro. Ele controla o submundo da China. O segredo do "Jujishou" de Kenshin Himura também é revelado.

A talentosa vigarista Dako e seus dois cúmplices recorrem a esquemas sofisticados para separar criminosos e outros infratores do dinheiro obtido por meios inescrupulosos.

Kenshin treina duro para aprimorar suas habilidades e deter Shishio, que pretende derrubar o governo e dominar o Japão.

O maléfico Makoto Shishio tenta derrubar o governo Meji. Kenshin Himura não tem outra escolha a não ser sacar a espada mais uma vez (apesar de ter prometido não

Kenshin Himura ficou conhecido como um dos melhores assassinos do país. Porém, cansado de tanta matança, ele abandona sua espada durante uma batalha e jura que não matará mais ninguém. Sua arma é recolhida por um dos derrotados e, passado algum tempo, uma série de assassinatos relacionados ao tráfico de ópio começam a acontecer. Himura passa a ser falsamente acusado de assassinato e sua promessa de nunca mais tirar uma vida é testada.